Par défaut, dans Gnome, maintenir Alt et clic gauche enfoncé permet de déplacer une fenêtre. C'est peut-être aussi le cas dans d'autres gestionnaires de bureau…

Dans Gimp, dans Inkscape et certainement dans d'autres logiciels, Alt+Clic est utilisé pour certaines actions (par exemple, dans Inkscape, « Sélection de l'objet en dessous », fonction très pratique).

Ce conflit de raccourci ne semble pas intéresser grand monde. Je l'avais signalé il y a longtemps ici et ailleurs sans que cela ne déchaîne les passions.

Jusqu'à peu dans Ubuntu, pour résoudre ce conflit :

Système > Préférences > Fenêtres, "Touche de mouvement", sélectionner "Super (ou le logo Windows)"

Mais dans la dernière version de Ubuntu il n'y a plus cette fenêtre de configuration (il n'y a plus beaucoup de fenêtres de configuration d'ailleurs…) donc si ce problème de conflit vous importune et que vous souhaitez le résoudre, tout simplement en remplaçant Alt par Super, tapez :

gconftool-2 --set /apps/metacity/general/mouse_button_modifier --type string '<Super>'